Người ta vẫn chưa thể xác định được nguồn gốc của Sobekhotep VI. Cha của ông có lẽ là Sobekhotep IV. Giả thuyết này dựa vào việc người ta tìm thấy trên tấm bia đá của Sobekhotep IV có 2 người con trai cũng được gọi là Sobekhotep (Sobekhotep Miu và Sobekhotep Djadja)[1]. Vợ của Sobekhotep VI mang tên là Khaenoub hoặc Nubhotepti[2].